本院成立於民國81年間,創辦人為張秀美女士,初期以辦理「老人安養中心」為主, 一年後,創辦人張秀美女士感慨社會上許多身心障礙者無法得到適齡適性的照顧, 於民國82年接受內政部、省政府、縣政府等補助以擴建院舍, 辦理財團法人登記立案為「財團法人台南市私立長泰殘障教養院」, 於民國90年更名為「財團法人台南市私立長泰教養院」。
本院於民國86年邀請日本藤田建築設計專家,為本院設計並增建適合於身心障礙者的生活空間, 同時設計一座S型戶外避難用逃生設備,以供身心障礙者使用; 直至民國88年,整體建築物及設施設備整修完工落成。
本院在全體同仁努力不懈,致力於給服務對象更好生活品質的狀態下, 延續第七、八、九次身心障礙機構評鑑的好成績,於第十次身心障礙機構評鑑持續榮獲甲等的肯定, 但本院不引以為滿,將會繼續自我鞭策,以提供良好之服務為首要目標, 以期提升服務對象之生活品質。